El día 02 de abril del año 1995, los ciudadanos Monasterio Cornejo Mamani, Victor Raul Quiñonez Lima, Celia Quispe Lima, inician sin ninguna autorización, a matricular a todos los que deseaban estudiar, en este nuevo colegio denominado por los fundadores, como I.E.S. AGROINDUSTRIAL de Nuñoa, probablemente inspirados en la creación del Instituto Superior Pedagógico de Nuñoa, que se lograra con este mismo procedimiento, al principio pensaron que era una Institución particular, por lo que muy pocos se matricularon. Los fundadores profesaban y continuan la religión adventista, por lo que muchos pensaron, que solo esta Institución servirá para adoctrinar, con el paso del tiempo, ya con alumnos matriculados, con los mismos fundadores apoyando ad-honorem, al mismo tiempo haciendo seguimiento a los trámites de creación, estuvo funcionando en un local adjunto dentro de la iglesia adventista, que a la actualidad queda cerca al colegio, de tal modo que el día 19 de mayo del mismo año, sale la Resolución de Creación de la Institución Educativa Secundaria “AGROINDUSTRIAL” de Nuñoa, “R.D.N° 0093-95-DUSEMA”, de tal modo que con 35 alumnos, a estas alturas legalmente matriculados, inicia sus labores académicas oficiales, con el primer grado, con los profesores fundadores y profesores en situación de destaque, asumiendo como Director el fundador Lic. Monasterio Cornejo Mamani.
El siguiente año 1996, se matriculan ya para el segundo grado y primer grado, en la misma iglesia adventista, y se continuan las labores. Pero el año 1997, ocurre que muchos padres de familia católicos, rehusaban a que continue funcionando en esta iglesia, aprovechando que el Presidente de los padres de familia era regidor de la municipalidad, se hace una confabulación, entre el alcalde Languer Cornejo Sayhua, el Gobernador Eloy Enriquez Salas, la Policía Nacional y padres de familia opositores, que sacan a los alumnos de la iglesia Adventista, lamentablemente esta acción fue muy traumatizante para los estudiantes, que no sabían que hacer, solo atinaban a llorar del susto, al ver policías armados hasta los dientes, precisamente esta acción violenta costó el cargo del Gobernador, a quien inmediatamente lo cambiaron, en este trance los alumnos fueron cobijados en un local en ruinas, tal como la ex-comisaría de Nuñoa, que queda ubicado , en las intersecciones del Jr. Jorge Chavez y Jr. Junín. En busca de mayor comodidad y como la institución creció mas y no abastecía ya, para los alumnos este local, por lo que algunas personas que domiciliaban cerca, como la señora Candelaria Velásquez, cede algunas habitaciones para que sirvan de aulas. Pero poco tiempo después fueron cobijados en el Jr. Lima, segunda cuadra, en la casa del señor Filomeno Haytara Bellido. Es en estas circunstancias que la municipalidad estaba preocupado en construirle su local, en vista de que el Presidente de APAFA, era regidor. Por lo tanto donan terrenos dos empresas, Rural Nuñoa dona una hectárea en la parte norte del distrito, en el lugar del actual funcionamiento de la institución, en cambio la CAP Huaycho dona también una hectárea, en el lado sur-este de Nuñoa, al otro lado del río. La Municipalidad de Nuñoa, opta la construcción en el terreno del lado norte de Nuñoa, por la cercanía al canal de irrigación, para usar el agua.
Una vez culminada la obra, los alumnos se trasladan al nuevo local, lugar desde el cual viene funcionando la institución, antes de que culmine el año y terminar su tercer mandato el alcalde Languer Cornejo, llega la Contraloría General de la República, para verificar las obras de la gestión municipal, entre ellas el colegio Agroindustrial, verificando que habían serias fallas en su estructura, alegando ellos que se debía a un movimiento telúrico reciente, la verdad era de que, la Empresa HBR S.A., no hizo bien la obra y entran en juicio con la municipalidad, que a la actualidad ganó dicha empresa, por descuido de los sucesivos alcaldes. Los siguientes alcaldes, ya no intervinieron la institución en mención hasta la actualidad, con el crecimiento del alumnado, las ocho aulas ya no abastecían, para el funcionamiento de DIEZ secciones, que se tiene en la actualidad, por lo que se han hecho adaptaciones de aulas, cerrando pasadizos, con los cuales muy perentoriamente viene funcionando la Institución.
